Agüero ble sommeren 2011 solgt fra Atlético de Madrid til Manchester City for €40M.
I sin siste sesong for Atlético (2010/2011) kom Agüero på tredjeplass på toppscorerlisten i La liga med 20 mål, bak Messi som hadde 31 mål, og Ronaldo som hadde 40. 
 
Som 23-åring kom han på tredjeplass på toppscorerlisten i Premier League med 23 mål, og sørget for at City vant sin første toppdivisjons-tittel på 44 år, ved å score i sesongens siste kamp i det 93:20 minutt.